ArcGIS for Desktop Basic または Standard ライセンスの場合、[ユニオン] および [インターセクト] で指定できる入力は 2 つだけです。
必要な結果を得るには、ユニオン操作またはインターセクト操作を複数回実行します。たとえば、インターセクトするフィーチャクラスが 3 つある場合、最初に 2 つをインターセクトし、その出力ともう 1 つのフィーチャクラスをインターセクトします。